„Habt Hoffnung und festen Glauben an Gott. Er wird euch in allem helfen."

(hl. Angela aus dem Vorwort der Gedenkworte)

1806 traf das Kloster der erste schwere Schlag. Die Chronistin schreibt, dass die kurfürstlichen Kommissäre in das Kirchenzimmer und in die Sakristei eindrangen und rücksichtslos vier große Körbe mit wertvollen Silbersachen – darunter eine wertvolle Monstranz und schöne Kelche - fortschleppten.
Den Klosterfrauen wurde verboten, an Werktagen gemeinsam das Chorgebet zu beten. Des Weiteren mussten sie die Einnahmen und Ausgaben genau vorlegen.
Bereits am 3.12.1799 war in einem Restrikt festgelegt worden, „die Erziehung der Mädchen könne nicht ausschließlich den Nonnen anvertraut werden, da Individuen, deren Ideen-Kreis ... auf den engen Kreis von vier Klostermauern beschränkt ist, zur Bildung der Jugend nicht fähig seien."
1803 wurde ein Reformplan für Klöster vorgelegt. In den Schulen durften nur mehr 12 Lehrerinnen unterrichten und diese mussten alles unterlassen – u.a. Gebetszeiten - , was sie bei der Vorbereitung des Unterrichts stören könnte. Ferner durften die Nonnen ausschließlich von der Regierung Befehle annehmen.
1809 wurde das Ursulinenkloster Straubing zum Zentralkloster (Aussterbekloster) erklärt. Es erfolgte der Abbau von Schule und Pensionat. Im November kamen 21 Landshuter Nonnen nach Straubing. Der Straubinger Konvent, der 24 Mitglieder zählte, war sehr arm. Ordenseintritte wurden verboten.
1822 musste aufgrund der personellen und finanziellen Situation das Pensionat geschlossen werden.
1826 zählte unser Kloster nur noch vier Lehrfrauen und zwei weitere Schwestern. Die Schwestern achteten trotz der schwierigen Bedingungen auf einen geregelten Tagesablauf und besonders auf das Stillschweigen.